故事發生在現實世界，2001年，數碼獸存在於電子遊戲、交換卡片遊戲還有動畫系列。五年級的小學生松田啟人因熱愛數碼怪獸卡片遊戲設計出了一隻數碼獸，因為對真正數碼獸的無比嚮往，某天刷卡機吸收了自己設計的數碼獸令因而他的刷卡器變成了真正的暴龍機——「D-Ark」，之後又認識了李健良和牧野留姬，他們遇到了自己的搭檔數碼獸，與來到現實世界的數碼獸戰鬥。最初的冒險在現實世界展開，然而數碼世界四聖獸之一的朱雀獸為了保護他們的進化之光，不斷派遣帝魔（十二隻以十二神將為原型的數碼獸）來到現實世界，而後又把古樂獸帶走，啟人他們為了救它，帶了博和、樹莉以及健太，決定進入數碼世界。[3]在數碼世界中，啟人一行人又遇到了傳說中的馴獸師——秋山遼。而後又遇到了被傳送至數碼世界的建良的妹妹——小春。他們8個人在得到了四聖獸的認可後，帶著古樂獸回到現實世界。 但是在消滅真正的敵人「數碼死神（D-Reaper）」之後，因為程式的關係，使得基爾獸他們必須要返回數碼世界。在離別前基爾獸和啟人約定：「之後還是要一起玩喔，要記得喔。」在數碼獸們都回去後，馴獸師們又再度開始了還沒有遇見數碼獸時的生活。但是有一天啟人經過基爾獸曾經住的地方，到裡面察看時，發現了現實世界和數碼世界的大門又打開了……